El molibdeno es esencial para el metabolismo de nitrógeno, siendo un componente fundamental en la enzima nitrato reductasa, que es el catalizador del primer paso de la conversión de nitrato a compuestos con nitrógeno en la planta. Su deficiencia puede en manera importante reducir el metabolismo de N y el crecimiento del árbol, dando como resultado rendimiento pobre y de mala calidad.
Carencias de molibdeno se ven en verano en forma de puntos amarillos intervenales en las hojas. En suelos ácidos, la deficiencia es más severa y puede controlarse por medio de aplicaciones foliares. Para prevenir deficiencia de Mo por largos periodos y mejorar la sanidad de la cultura, es fundamental encalar en suelos ácidos. Es muy raro observar deficiencia de molibdeno en suelos alcalinos.